重創日本及韓國家禽產業的H5N6亞型高病原性禽流感病毒，在台灣東部、南部陸續傳出疫情；台北市立動物園有鑑於H5N6具有高傳染力、高發病率和高致死率等危險性，已全面暫停野鳥救傷業務，也在生態鳥園及水禽區的遊客出入口處放置消毒踏墊，為鳥禽的健康把關。
動物園表示，園區內半開放式的鳥類展示，如大門入口迎賓的紅鶴池，及兒童區原可隨意趴趴走的家禽，在禽流感疫情緩和前，都將暫停戶外活動，降低感染風險；園區也增設消毒酒精取用點，搭配定時播音宣導，提醒遊客勤洗手、不要餵食及接觸鳥禽等預防措施。
雖然目前日韓陸續傳出動物園的禽流感疫情，但動物園發言人曹先紹指出，由於北市動物園區腹地廣大、綠蔭環繞、空氣流通，爆發群聚感染的機會不大，且照養珍禽的生態鳥園、水禽區等，都有加大、加高的籠網，阻隔外部鳥類進入，過去動物園也未發生過受禽流感波及的案例。
動物園指出，鳥籠網籠內遍布植栽，可提供鳥類棲息躲藏，也降低鳥禽與遊客接觸的機會，呼籲遊客確實遵守不要餵食及接觸動物的參觀禮儀，可有效降低禽流感發生的風險。
自2006年起，園方每月採集鳥類糞便做禽流感篩檢，禽鳥生活空間每周消毒一次，也每日注意鳥禽健康，如有異狀立刻通報送醫，如遇鳥類死亡，都會由台大獸醫專業學院病理教授協助進行病理解剖，以確實掌握死亡病因。
接觸禽鳥的保育員，工作時須全程配戴口罩、手套、定期接種流感疫苗，使用後的工作鞋、手套或口罩集中消毒或丟棄等自我管理。園區內半開放式的鳥類展示，如大門廣場的紅鶴，也將餵食區設在室內，目的避免野鳥受食物吸引而聚集，降低染病風險。
曹先紹表示，台灣有任何禽流感案例發生，園方會密切注意追蹤，而禽流感好發天冷的時候，天氣回暖會趨緩。
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